CDC lanserade ett konsortium för nationell viral genomik

US Centers for Disease Control and Prevention, CDC, lanserade ett konsortium för att starta ett nationellt nätverk av sekvenseringslaboratorier som kommer att påskynda frisättningen av SARS-CoV-2-sekvensdata till det offentliga området. Snabb frisättning av öppen koronavirussekvensdata hjälper till att guida Covid-19 folkhälsorespons, driva innovation och upptäckt och främja förståelsen för denna och framtida pandemier.

Denna SARS-CoV-2-sekvensering för folkhälsovård, epidemiologi och övervakning (SPHERES) konsortium, vilket kommer att öka användningen av hela genom-sekvensering (WGS) av COVID-19-viruset. SPHERES kommer att tillhandahålla konsekvent sekvensdata i realtid till folkhälsoteam som undersöker fall och kluster av COVID-19 över hela landet.

Detta nya konsortium hjälper dem att bättre förstå hur viruset sprider sig, både nationellt och i deras lokala samhällen. Bättre data kommer i sin tur att hjälpa folkhälsovården att avbryta överföringskedjor, förhindra nya sjukdomsfall och skydda och rädda liv.

”USA är världsledande inom avancerad sekvensering av snabba genomer. Denna samordnade insats i våra offentliga, privata, kliniska och akademiska folkhälsolaboratorier kommer att spela en viktig roll för att förstå överföringen, utvecklingen och behandlingen av SARS-CoV-2. Jag är övertygad om att våra bästa, skickligaste hjärnor arbetar tillsammans för att hjälpa oss att rädda liv idag och imorgon, säger CDC-chef Robert Redfield, MD

Spåra COVID-19-viruset när det utvecklas

Genomisk sekvensdata kan ge enastående inblick i SARS-CoV-2s biologi, viruset som orsakar COVID-19, och kan hjälpa till att definiera pandemins förändrade landskap. Genom att sekvensera virus från hela USA kan CDC och andra folkhälsomyndigheter övervaka viktiga förändringar i viruset och använda den här informationen för att vägleda kontaktspårning, minskning av folkhälsan och strategier för infektionskontroll.

SPHERES-konsortiet är ett ambitiöst försök att samordna SARS-CoV-2-genomsekvensering nationellt och organisera dussintals mindre, individuella insatser i ett enda distribuerat nätverk av laboratorier, institutioner och företag. Konsortiet kombinerar expertis, teknik och resurser från 40 statliga och lokala folkhälsoavdelningar, flera stora kliniska laboratorier och över två dussin samarbetsinstitutioner över den federala regeringen, den akademiska världen och den privata sektorn.

SPHERES kommer att upprätta bästa praxis och konsensusdatastandarder, påskynda öppen datadelning och upprätta en pool av resurser och expertis för att hjälpa till med banbrytande teknik till det nationella COVID-19-svaret.

SPHERES-data är öppna, delade

Konsortiemedlemmar delar ett åtagande om snabb öppen sekvensdelning. De planerar att skicka all användbar sekvensinformation till offentliga arkiv vid National Library of Medicine National Center for Biotechnology Information (NLM / NCBI), Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) och andra offentliga sekvensregister. Detta kommer att bidra till att data om virussekvenser från hela USA snabbt är tillgängliga för beslutsfattande inom folkhälsan och fritt tillgängliga för forskare överallt.

Konsortiets medlemmar inkluderar:

Federala byråer och laboratorier

Centers for Disease Control and Prevention, Office of Advanced Molecular Detections

Argonne National Laboratory

Försvarets hälsobyrå, Global smittsam Sjukdom Övervakning

Food and Drug Administration

Lawrence Berkeley National Laboratory

Los Alamos National Laboratory

National Institute of Allergy and Infectious Diseases, Office of Genomics and Advanced Technology

National Institute of Standards and Technology

National Library of Medicine National Center for Biotechnology Information

Walter Reed Army Institute of Research

Statliga / lokala folkhälsolaboratorier

Arizona

kalifornien

Delaware

District of Columbia

Florida

Hawaii

maine

Maryland

massachusetts

Michigan

Minnesota

norra Carolina

norra Dakota

Nevada

New Mexico

New York

Utah

virginia

Washington

Wisconsin

Wyoming

Akademiska institutioner

Baylor University

Cornell University

Fred Hutchinson Cancer Research Center

Mount Sinai School of Medicine

New York University

Northern Arizona University

University of Buffalo

University of California, Berkeley

University of California, Davis

University of California, Irvine

University of California, Los Angeles

University of California, San Francisco

University of California, Santa Cruz

University of Chicago

University of Maryland

University of Minnesota

University of Nebraska

University of New Mexico

University of Washington

Yale universitet

Företag

Abbott Diagnostik

bioMerieux

Färggenomik

Gingko Bioworks

IDbyDNA

I-Q-Tel

LabCorp

En kodx

Oxford Nanopore Technologies

Pacific Biosciences

Qiagen

Quest Diagnostics

Sannerligen livsvetenskaper

Företagens namn ges endast i informationssyfte, och deras införande här utgör inte ett godkännande av företagen eller någon av deras kommersiella produkter eller tjänster från US Centers for Disease Control and Prevention.

Ideella folkhälso- eller forskningsinstitut

Föreningen för folkhälsolaboratorier

Bill och Melinda Gates Foundation

Bredt institut

Chan Zuckerberg BioHub

Craig Venter Institute

Folkhälsoalliansen för genomisk epidemiologi

Scripps forskning

Jackson laboratorium

Translational Genomics Research Institute - North

Walder Foundation

Under de senaste sex åren har CDC: s Office of Advanced Molecular Detection-program investerat i federala och statliga folkhälsolaboratorier för att utöka användningen av patogengenomik och andra avancerade laboratorieteknologier för övervakning av infektionssjukdomar och utbrottssvar. Den nuvarande konsortieinvesteringen syftar till att rädda liv i SARS-CoV-2-pandemin och förbereda USA och världen för framtida pandemisvar.

För att lära dig mer om genomisk sekvensering eller CDC: s arbete inom avancerad molekylär detektion, besök https://www.cdc.gov/amd/